Transmisní elektronový mikroskop je jediným laboratorním přístrojem, s jehož pomocí je možné získat zároveň informaci o struktuře, prvkovém složení a morfologii částic z oblasti o velikosti několika nanometrů studovaného vzorku. Transmisní elektronový mikroskop JEM-3010 od firmy JEOL umožňuje studium struktury látek s atomovým rozlišením a to jak v přímém zobrazení (HRTEM), tak pomocí elektronové difrakce (SAED, CBED, NBED). K mikroskopu je připojen EDX detektor od firmy Oxford Instruments, který umožnuje prvkovou analýzu s nanometrovým rozlišením. Připojený systém DigiStar od firmy NanoMegas poskytuje mapy krystalograficky odlišných fází a orientace krystalů v nanometrovém měřítku.