Skenovací elektronový mikroskop JSM-6510 od firmy JEOL umožňuje měření v sekundárních a zpětně odražených elektronech. Mikroskop pracuje jak ve vysokovakuovém tak nízkovakuovém režimu. Nízkovakuový režim umožňuje pozorování nevodivých vzorků bez nutnosti pokovení jejich povrchu. K mikroskopu je připojen EDS detektor SDD x-act 10 mm2 INCA od firmy Oxford Instruments, který detekuje prvky od bóru po plutonium a WDS detektor INCA WAVE WDS, který je schopen změřit stopové množství prvku ve vzorku.